La prima costruzione della chiesa di San Giovanni Battista probabilmente è del secolo VII.
Nel 1727, per espresso desiderio del Capitolo parrocchiale e del Decurionato dell' Universita di Monticelli, iniziarono i lavori di rifacimento totale della chiesa, terminati nel 1748.
Sull' architrave del portale è inciso: Ecclesia collegiata Sancti Johannis Baptistae terrae Monticelli, Anno Domini MDCCXLVIII.
(Chiesa   collegiata   di   San   Giovanni   Battista   della   terra   di   Monticelli. Nell' anno del Signore 1748).

Al centro dell' architrave è scolpito a rilievo lo stemma del Santo: "L' agnello con la bandiera".

"Il piazzale della chiesa era un luogo d' immondezza, specialmente negli angoli del muro di cinta, come era pure per i monelli il luogo di passatempo in tutte le ore del giorno.

Questo Piazzale serviva altresì per tenervi al sole grano umido fagioli non abbastanza secchi, cartocci di pannocchie di granoturco, disseccarvi conserve di pomodoro ecc. ... e solo nel marzo millenovecentoquindici, ci riuscì poter chiudere quest' ante entrata della chiesa con un cancello di ferro battuto con guarnizioni di ferro fuso. La spesa sostenuta fu complessivamente di Lire trecentoventi e centesimi venticinque".

L' interno, ad una navata con la volta a tutto sesto, possiede otto cappelle: quattro a destra e quattro a sinistra della navata.

Nella prima cappella a mano destra, l' acquasantiera, più avanti la porticina per salire all' organo ed al campanile.
Nella seconda, sulla parete centrale, la nicchia con la Beata Vergine. Sulla parete di sinistra, la nicchia con Sant' Antonio da Padova in quella di destra San Rocco. Nella terza, sopra un piccolo altare, la nicchia con il busto di San Biagio, fuso nel 1747.
La cappella è protetta da una balaustra di marmo con il cancelletto.

"Nella prima quindicina di giugno corrente anno 1916 acquistammo dalla ditta D' Angelo a S. Chiara di Napoli, una balaustra di marmo con relativo cancello. Venne a metterla in opera lo stesso marmista venditore. La somma occorsa per l' acquisto pel trasporto e per la messa in opera raggiunse la cifra di lire trecentonovantacinque".

Nella quarta, dentro l' urna, al di sopra dell' altare di marmo policromo, sono custodite le spoglie mortali di Sant' Innocenzo. Sopra l' urna e fissato alla parete il quadro "La famiglia di Gesù", olio su tela cm 164x120 di Giuseppe Astarita,1746, restaurato nel 1978 da Gianfranco Pizzinelli.

Raffigura Gesù benedicente sormontato dallo Spirito Santo. Alla sinistra del Cristo stanno San Giuseppe che regge il bastone fiorito e la Vergine in atto di preghiera. Alla sinistra Sant' Anna e San Gioacchino. In basso, al centro, due putti alati.

Nel 1914 fu aperta la porta della cappella di Sant' Innocenzo alla Sacrestia. "L' armadio che occupava la parte dove fu praticata la porta venne trasportato alla parete opposta. Notiamo che il bancone di quest' armadio sovrapposto fu fatto dopo la metà del secolo scorso, ed il Rev. Canonico D. Odorisio Pernarelli, che ebbe il pensiero, fece mettere a ricordo il suo nome sulla faccia sotto la cornice".

Anno  Domini MCMXIV,   reverendus  dominus  Odorisius Pernarelli, canonicus poenitentiarius basilicae, fecit.

(Nell' anno del Signore 1914, il reverendo don Odorisio Pernarelli, canonico penitenziere della Basilica, fece).

In cima all' armadio vi sono due busti lignei del 1400: San Pietro e Sant' Andrea.

Dalla sacrestia si accede al lavabo, sul quale è inciso: "Qui mundus est rectum opus eius. Prov. XXI - A. D. 1737.  (Chi è puro la sua opera è giusta. Proverbi. XXI. Nell' anno del Signore 1737)".

"Con un tramezzo a mattoni separammo il vano di questo sottotetto dal passaggio che si osserva dal Lavabo al cosi detto cimitorio. Dalla finestra che aprimmo si gode uno splendido panorama che si allarga tra Sperlonga e Terracina, mentre poi l' orizzonte si perde lontano sul mare dietro le isole pontine, nelle limpide giornate si delineano spiccate tra il mare e il cielo".

Il "cimitorio" era una grande fossa, la botola chiusa da una pietra con un anello. In essa venivano gettati gli individui che morivano di morte naturale. Tale pratica esistette sino a quando non fu costruito il cimitero che fu proposto con delibera del 23 ottobre 1863.

Nella prima cappella, a mano sinistra, si nota il Battistero. E' una vasca di marmo di età, forse romana, proveniente dai ruderi di una villa patrizia.

Essa poggia sopra mezza colonna sulla quale è inciso il numero LXXI, forse la colonna miliare, una volta sita nelle vicinanze di Portella. E' fissata nel pavimento alla rovescia.

Nella seconda cappella si ammira il quadro Gesù deposto dalla Croce, olio su tela, di autore anonimo del 1700. Rappresenta la Madonna seduta che tiene sulle ginocchia Gesù. A terra, vicino al braccio penzoloni di Gesù, giacciono tre chiodi, una tenaglia e la corona di spine. La pia donna a sinistra, inginocchiata, con i biondi capelli sparsi sulle spalle, bacia il dorso della mano di Gesù.

Nella terza cappella tre nicchie sono custode di tre statue. Sulla parete di centro, nella nicchia, abbiamo Cristo, in quella di sinistra Santa Rita e a destra Santa Lucia.

Nella quarta cappella, al di sopra il piano dell' altare di marmo policromo, il quadro "Madonna con il Bambino" olio su tela, cm. 230x157 di autore anonimo, restaurato nel 1976 da Gianfranco Pizzinelli.
La Madonna indossa un manto azzurro e sulle ginocchia regge il bambino Gesù. Alla destra della Madonna San Domenico in atto pensoso che guarda il rosario che la Madonna gli fa scendere sul palmo della mano sinistra mentre nella destra ha un giglio e un libro.
Dietro San Domenico si vede Santa Caterina da Siena. A sinistra San Tommaso che incrocia le braccia sul petto e volge lo sguardo alia Vergine. Alle spalle un angelo che regge fra il pollice e l' indice, il cingolo.
Il quadro è circondato da dieci quadretti ovali che rappresentano la passione di Gesù. Un quadretto è stato trafugato.
Sia l' altare maggiore che i due nelle cappelle laterali sono di un marmorario Astarita della scuola napoletana del '700.

Ai piedi del coro ligneo una lastra di marmo bianco, cm. 65x65, chiude la tomba della famiglia Scacco. Sopra sono scolpite: una stella, due campi a scacco e l' iscrizione:

Memorare novissima tua. Dominus Evangelista Scaccho de Monticello utriusque iuris dor canonicus salernitanus. Fecit, Anno Domini MCCCCC. Indictione III.

(Ricordati della tua fine. Don Evangelista Scacco di Monticelli, dottore nell' uno e nell' altro diritto, canonico salernitano, fece. Nell' anno del Signore 1500, terza indizione).

Sopra al coro ligneo il polittico "Lo sposalizio di Santa Caterina", olio su tavola, cm. 277x180, di Cristoforo Scacco, del 1500.

Sulla pala centrale è raffigurata la Vergine che fissa la figura di Santa Caterina d' Alessandria d' Egitto. La fanciulla ha una espressione mistica per l' anello nuziale che il Bambino lo infila al dito.
Santa Caterina poggia un ginocchio a terra mentre l' altro è sollevato. Il manto che indossa è decorato in oro all' esterno e porporino all' interno. Il sacerdote inginocchiato è Evangelista Scacco, forse congiunto del pittore, che commissionò il polittico.
Nella pala destra è dipinto San Giovanni Evangelista. La veste, quasi succinta, gli si raccoglie più stretta sul petto. Con l' indice ed il pollice della mano destra stringe la penna. Con la sinistra regge il Vangelo sul quale si osserva un calice.
A sinistra San Giovanni Battista dal volto scarno, con sulle spalle un vello. Con l' indice della mano destra mostra ai discepoli Gesù. Tra il braccio ed il petto poggia l' asta della bandiera. Nelle pieghe del drappo si legge: Ecce agnus dei. (Ecco l' agnello di Dio).
Con la mano sinistra regge un libro chiuso sul quale si osserva una coppa. Ricorda quella che riempì nel fiume Giordano per il battesimo di Gesù.

Nella predella è dipinta l' ultima cena. Nel timpano è raffigurato il transito di Maria Immacolata, la quale sul letto, è circondata dagli Apostoli. Ai piedi del letto si vede una figura sdraiata con una serpe attorcigliata al collo.

La cornice del polittico è costituita di due colonnine dorate sul fondo nero. Poi viene lo stemma dello Scacco: uno scudo. La diagonale divide due scacchiere in bianco e nero. In un angolo il sole, poi l' iscrizione dedicatoria, la data e il nome dell' artista.

Dominus Evangelista Scaccho de Monticello, utriusque ìuris doctor, canonicus, / salernitamis, fieri fecit. Anno Domini MCCCCC, indictione HI. Cristtophorus Scaccho de Verona pinxit.

(Don Evangelista Scacco di Monticelli, dottore nell' uno e nell' altro diritto, canonico salernitano, fece fare. Nell' anno del Signore 1500, indizione III. Cristoforo Scacco da Verona dipinse).

L' organo collocato in cantoria sull' ingresso principale della chiesa è datato 1752. La cassa di legno è fregiata di ornamenti stile barocco. Furono utilizzati pezzi di un organo più antico. L' autore è anonimo.

Nell' Archivio della chiesa di San Giovanni Battista in Monte San Biagio, nel libro dei verbali si legge che il 30 agosto 1751 don Giampaolo Parisella espresse il seguente desiderio: "Essendosi considerato in questa chiesa si rifaccia un organo per la maggior gloria di Dio e decora di essa: per tale effetto si è proposto dal Reverendo arciprete si faccia di spesa capitolarmente nel modo deliberato ...".

Un giorno del 1752, con alcuni amici, Giuseppe partì alla volta di Napoli in cerca di fortuna. "Fatta la metà del viaggio, Iddio lo arrestò disponendo, che giunto a Monticelli nei confini del Regno presso Terracina, fosse coi compagni richiesto dagli amministratori di quella chiesa, di fare in essa una nuova orchestra. Fu accettata la partita, e si diede principio al lavoro colla dovuta premura a maestria".

La cantoria fu rifatta dal laico Giuseppe della Presentazione, di cognome Martini, nato a Montefiascone nel 1731, avviato dal padre ad apprendere l' arte di falegname.

Nella seduta Capitolare del 23 giugno 1753 si legge: "Ritrovandosi aver fatto la spesa dell' organo et orchestra (da intenderci cantoria) dal capitolo nella somma di quattrocento e dieci docati e affinché nel sonare in occasione dei morti non sortiscono disturbi si è stabilito di far pagare carlini dieci a chi lo domanderà".

Il 3 settembre 1856 un fulmine devastò l' organo. Per ripararlo il Decurionato deliberò, nella seduta del 12 dicembre 1856 di chiedere, a Sua Maestà Ferdinando II un contributo di quattrocento ducati. Fu riattivato nell' anno 1858 da Antonio Pirollo e da suo figlio Benedetto, come è scritto nel somiere. Un altro restauro avvenne nel 1880 ad opera di Severino Martino da Campi Toscano.
Nel 1976 l' organo, per l' interessamento dell' arciprete don Giuseppe di Fazio, a cura della Sovrintendenza alle Gallerie e alle opere d' Arte Medioevale e Moderne per il Lazio, sotto la direzione della dottoressa Luisa Cervelli fu restaurato dalla ditta Alfredo Piccinelli di Padova ed inaugurato il 25 giugno 1977.

Pur non potendosi chiamare un grande organo, ha un timbro di suono meraviglioso, potente e delicato nello stesso tempo. E' fornito inoltre, cosa veramente caratteristica, di un sistema di 223 campanelli quanto mai armoniosi e squillanti.

Il campanile s' innalza alla sinistra della chiesa. La base è costituita da un fornice a tutto sesto dal quale si accede alla canonica. Nello stipite sinistro è murato un concio con inciso: Bono reìpu / blicae nato. (Nato per il bene della repubblica).

Sotto è scolpito, poco marcato: A. D. 1726, forse l' anno del ritrovamento del cubo, parte di una statua romana o dell' idea del rifacimento totale della chiesa, il cui inizio avvenne l' anno successivo. Nell' angolo dell' altro stipite la colonna miliare LXXI sulla quale è inciso

IIII
IMP. CAESAR
M.AURELLIUS ANTONINUS
INVICTUS PIUS FELIX AUG.
PART. MAX. BRIT. MAX. GERM..
MAX.   PONT. MAX. TRIB. POTEST.
XVIIII IMP. in cos. un PROC.
VIAM ANTE HAC LAPIDEAM
INUTILITER STRATAM ET
CORRUPTAM SILICE NOVO
QUO FIRMIOR COMMEANTIBUS
ESSET PER MILIA PAS
SUM XXI SUA PECUNIA FECIT
LXXI

(IIII. L' imperatore Cesare / Marco Aurelio Antonino / invitto, Pio, Felice, Augusto / partico massimo, britannico massimo, germanico / massimo, pontefice, insignite delle potestà tribunizie per la diciannovesima volta, imperatore per la terza volta, console per la quarta volta, proconsole a sue spese fece costruire con nuova selce, per un tratto di ventuno miglia, questa strada finora inutilmente lastricata in pietra e dissestata, affinché fosse più solida per i viandanti. LXXI).

Al centro della torre campanaria fanno bella vista, il quadrante dell' orologio, rinnovato nel 1888 e la campana che batte le ore, situata all' inizio della cuspide.

Il 22 marzo 1826 il Decurionato di Monticelli si riunì per provvedere alla riparazione della cassa dell' orologio devastata dal turbine nel dicembre 1825. Deliberò anche la riparazione del tetto della chiesa, in cattive condizioni sin dal 1815, per evitare che le piogge continuassero a bagnare gli altari. Nella cella campanaria penzolano, da robusti sostegni di quercia, quattro campane. Sulla prima è scritto a rilievo la seguente frase:

Dat Battista sacer nomen mihi, Blasius auget. Ille praeit verbum. Canit hic. Ego convoco gentes. A. D. 1715. Opus Laurenti Marinelli Anglonensis.
(Il Santo Battista mi da il nome, Biagio lo accresce. Quello precorre il Verbo, questi lo esalta, io chiamo a raccolta le genti. Nell' anno del Signore 1715. Opera di Lorenzo Marinelli di Agnone).

Sulla seconda: Questo sacro bronzo più volte fuso / strinse maggiormente i fedeli di Monte San Biagio / alla fede di Cristo mercé l' opera instancabile / dell' arciprete parroco don Emilio Vicini / coadiuvato dal comitato feste e dal popolo /. Questa fede rimarrà sempre vivissima quale / eredità delle future generazioni /. Anno Domini 1947. Francesco Lucenti fuse in Roma.

Sulla terza: Chiesa collegiata recettizia numerata / e parrocchia di San Giovanni Battista / in Monte San Biagio (Latina). / Anno Domini 1947. Arciprete don Emilio Vicini. / Francesco Lucenti fuse in Roma.

La quarta, la minore non possiede iscrizioni. Dal popolo è denominata "San Gioacchiniello" forse in onora del Santo raffigurato in due quadri esistenti nella chiesa in Monte San Biagio, oppure per la devozione del popolo al Santo.

Il 21 gennaio 1988 la campana datata 1715, fu sostituita da una nuova e la "vecchia campana storica" venne relegata nella seconda cella campanaria.

Sulla nuova campana la scritta: Quod Mariae Virgini dicatum aes glorium canit eius et amorem. A.D. MCMLXXXVII, Joseph di Fazio F.F., Francesco Lucenti fuse in Roma.

(Il bronzo consacrato alla Vergine Maria ne esalta la gloria e l' amore. Nell' anno del Signore 1987, Giuseppe di Fazio fece fare, Francesco Lucenti fuse in Roma).

Il 6 giugno il Vescovo di Fondi, Comparini vi si recò in visita pastorale. Allora la chiesa era coperta di tegole, la capriata sostenuta da due archi, il pavimento lastricato e ben conservato.
C' era il pulpito con una piccola Croce e c' erano due confessionali. Le cappelle erano: Santa Maria del Rosario coperta dal tetto e custodita dalla Confraternita del Rosario.
San Giovanni Evangelista chiusa da una balaustra con cancello di legno ed il soffitto affrescato con varie immagini di Santi. La Vergine era dipinta sulla parete al di sopra dell' altare vicino al quale, a mano destra, per una porticina si entrava in una stanza dove i confratelli lasciavano le vesti.

San Sebastiano dalla volta con immagini di Santi. La cappella era di proprietà dell' Università di Monticelli.

Santa Caterina che possedeva al statua della Santa.

San Nicola con immagini dei Santi il Santo era dipinto sulla parete.

Santissimo Sacramento dell' Eucarestia prima che passasse alla Confraternita del Sacramento, vi si conservava l' Eucarestia.

Nell' Apprezzo dello Stato di Fondi del 1690 è descritta "... la chiesa madre sotto il titolo di San Giovanni Battista consiste in una nave coverta a tetti con due archi di fabbrica nel mezzo, in testa la quale, ci è l' altare maggiore, con il tabernacolo, dove si tiene il SS. Con due statue alli lati, una di San Giovanni Battista e l' altra di San Sebastiano ...".

Nel 1910 come dalla data incisa su pietra nell' entrata, fu rifatto l' intero pavimento grande della Chiesa, il pavimento alla cappella di S. Giovanni Evangelista, all' altare dell' Addolorata, al Battistero ed alla cappella senz' altare, dove è praticata la porta di accesso al campanile.